该寺创建于清康熙十二年（1673），创建者高僧贝谢热却丹。贝谢热却丹，甘南甘加人,是尊者噶丹嘉措之亲炙弟子，入藏学法获拉然巴格西称号，受合作地方首领的支持，建合作寺。1749年，赛赤萨木察第一世坚赞僧格在合作寺建立法相讲闻之规，自此政教之权亦由赛赤活佛系统掌管。第二世赛赤· 洛桑坚赞僧格（1757一1850），26岁前往西藏求法，广习五部大论，学有所成，地方政府赐“阐扬甘丹圣教额尔德尼班智达”封浩，返回安多后曾任青海隆务寺法台，在合作寺修建大金瓦殿、释迹牟尼殿、印经院等，生平著作有文集8函。三世赛赤·洛桑绎伯丹增僧格。组织人建大经堂、大昂欠等，50 岁圆寂。四世赛赤·洛桑伯丹僧格。69岁圆寂。五世赛赤名洛桑图登伯丹僧格。经历代赛赤活佛经营，合作寺成为甘南地区规模较大的寺院之一，至解放初，合作寺香火旺盛，寺内有经堂2座,佛殿10座，9层楼1座，建筑中尤以此楼闻名远近。有僧众500多人，所属教民约有万户，设有学校、卫生院、警察局，驻有保安队，同一县治无异。
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